Mahekeskuse peamisteks tegevussuundadeks on teadus- ja rakendusuuringud mahepõllumajanduses, keskkonnasäästlike eluviiside ja mahetoidu tutvustamine, erinevate sihtgruppide koolitamine ning koostöös ettevõtjatega lahenduste leidmine mahesektori arendamiseks.

Mahekeskus koondab teabe ja oskused, mis on Eesti Maaülikoolis olemas varasemate mahepõllumajanduse- ja toidu valdkonna teadusuuringutest ning planeerib ja koordineerib edasisi tegevusi.

Mahekeskus on alates 1.maist 2009 Mahepõllumajanduse Koostöökogu eesistujaks.

Mahepõllumajanduse Koostöökogu on koostöövõrgustik, mis koondab kõiki Eestis mahepõllumajanduse valdkonnas aktiivselt tegutsevaid organisatsioone, sh mittetulundusühinguid, sihtasutusi ja tulundusühistuid.