Mahekeskuse peamisteks tegevussuundadeks on teadus- ja rakendusuuringud mahepõllumajanduses, keskkonnasäästlike eluviiside ja mahetoidu tutvustamine, erinevate sihtgruppide koolitamine ning koostöös ettevõtjatega lahenduste leidmine mahesektori arendamiseks.

Mahekeskus koondab teabe ja oskused, mis on Eesti Maaülikoolis olemas varasemate mahepõllumajanduse- ja toidu valdkonna teadusuuringutest ning planeerib ja koordineerib edasisi tegevusi.